Richard Chamberlain spiller hovedrollen som John Blackthorne, en engelsk søfarende, der lider skibbrud ud for den japanske kyst. Han bliver reddet og overværer den dødelige kamp med deltagelse af Toronaga, en stridselskende general, som er fast besluttet på at blive Shogun - den øverste militærdiktator.
Samtidig drages Blackthorne mere eller mindre modvilligt ind i tumulten, og pludselig befinder han sig i kampen om at blive den første gai-jin (udlænding) nogensinde, der er blevet udnævnt til samurai-kriger.
Shogun er en af de mest berømte og prisvindende* miniserier i fjernsynets historie.